Harjoittelu jakautuu kolmeen osa-alueeseen, jotka muodostavat kokonaisuuden. Jokaista osa-aluetta harjoitellaan yhtä paljon, säännönmukaisen ohjelman perusteella. Ohjelmat perustuvat puolivuosittaisiin tavoitteisiin, ja laaditaan oppilaiden keskimääräisen tason perusteella. Eri tasot huomioidaan tuntiopetuksessa. Myös eri tasoryhmien perustaminen tulee mahdolliseksi. Karaten kolme osa-aluetta ja niiden painopisteet ovat seuraavat:

Perustekniikka eli KIHON. Harjoittelun perusta on Kihon. Koska Shotokan nojautuu pitkiin ja voimakkaisiin asentoihin, kihon on raskas. Vain jatkuva harjoittelu kasvattaa voimaa ja nopeutta sekä liikkeiden sulavuutta. Vastaavasti myös hengitysenergia saadaan kanavoitua mukaan harjoituksiin. Kihon rakentuu suuresta määrästä käsin ja jaloin toteutettavia hyökkäystekniikoita, torjuntatekniikoita ja hyökkääjän hallintatekniikoita.

KATA. Kata on liikesarja, ottelu "näkymättömän" vastustajan kanssa. Shotokan sisältää 26 (27) kataa. Kata painottaa liikkeiden voimaa, harmoniaa ja nopeutta. Harjoittelussa kata voidaan soveltaa käytäntöön Bunkaiden, eli sovellusten kautta, jolloin katan tekniikoita käytetään hyökkäyksen torjunnassa tai itse hyökkäyksessä. Kata on myös kilpailumuoto sekä yksittäis- että ryhmäsuorituksena.

Ottelu eli KUMITE. Karaten kolmas harjoittelumuoto on ottelu. Ottelun harjoittelu rakentuu hyvään perustekniikkaan. Ottelu harjoitellaan asteittain eli yksinkertaisista, etukäteen määrätyistä hyökkäys- ja puolustustekniikoista osittain määriteltyyn otteluun ja lopulta täysin vapaaseen otteluun. Ratkaisevaa on lopputekniikan tehokkuus, nopeus, oikea kontakti sekä oikea osuma. Traditionaalinen karate korostaa ottelun realistisuutta, ja samaan aikaan tekniikoiden täydellistä hallintaa ja kontrollia.

Tarkoituksena on jokaisen harjoittelijan oman suorituksen parantaminen ja sen maksimoiminen yhdessä toisten harjoittelijoiden kanssa. Tämä vaatii huomattavaa kärsivällisyyttä, jatkuvaa keskittymistä ja harjoittelua. Karaten tie on pitkä eikä tunne päätöstä. Harjoittelu edellyttää: