Taistelutaitojen historia voidaan johtaa takaisin Intiaan, vuosituhansia taaksepäin. Legendan mukaan intialainen buddhisti-munkki daruma Taishi (Bodhidharma), zen-buddhismin kehittäjä, toi Intiasta Sung-dynastian aikana taistelutaidon nimeltä Ch Uan-Fa Kiinaan, Shaolinin temppeliin. Tiedot tältä ajalta ovat vähäisiä ja nojautuvat suulliseen perimätietoon.

Kyseinen Ch Uan-Fa vietiin myös Okinawalle. Harvoista säilyneistä asiakirjoista voidaan päätellä, että taitoa harjoiteltiin ainakin jo 1300-luvun puolivälissä. Laji kasvoi. Sen ohella harjoiteltiin myös Okinawalta peräisin olevaa taistelutaitoa Tode, jossa ei käytetä aseita.

Vuonna 1609 japanilainen Satsuma -klaani valloitti Ryukyu -saaret. Aseet kiellettiin. Jotta selviytyminen olisi mahdollista, Ch Uan-Fa ja Tode -tyylit kehittivät yhdessä metodin ihmisen henkisen ja fyysisen puolen vahvistamiseksi. Tämä yhteistyö tunnettiin nimellä "Te" (käsi).

Te -harjoitukset pidettiin salassa, paikoissa Shuri, Naha ja Tomari. Nämä kehittyivät paikallisiksi tyyleikseen Shuri-Te, Naha-Te ja Tomari-Te. Satsuma-klaanin valloitus päättyi 1875, ja Ryukyu-saarista tuli osa Japania. Harjoittelu muuttui taas vähitellen avoimeksi, ja 1900-luvun alkuun mennessä lajeja harjoiteltiin kaikkialla koululiikunnan osana.

Sensei Funakoshi syntyi vuonna 1868 Yamakawa-Chô:n piirikunnassa Okinawalla. Karaten "isänä" tunnettu Funakoshi ansioitui erityisesti karaten levittämisessä Okinawan ulkopuolelle. Kultivoitunut ja runoilija, Funakoshi noudatti aina tarkasti esi-isien moraalikoodia, kieltoja ja periaatteita.

Funakoshin karateharjoittelu alkoi jo nuorella iällä. Harjoitusten myötä heikosta ja sairaastakin pikkupojasta kehittyi voimakas ja terve karateka. Sensei Asato hyväksyi hänet oppilaakseen traditionaaliseen opetukseen: ankara harjoitus, äärettömät toistokerrat ja periaate "kata per kolme vuotta". Samaan aikaan Funakoshi pääsee myös Asaton ystävän, toisen karatemestarin, Itosun oppilaaksi. Itosulta Funakoshi perii teknisen rikkautensa.

Funakoshin perhe kuului Okinawan sivistyneistöön, ja he kannattivat puoluetta Ganko-tô, joka noudatti vanhanajan traditioita (muun muassa hiussolmu, miesten traditionaalinen kampaus). Tämän vanhan linjan vuoksi Funakoshin oli mahdotonta hakeutua lääkäriksi, sillä tiedekunnassa traditiota noudattavat eivät olleet tervetulleita. Tämän vuoksi Funakoshi suoritti opettajan tutkinnon ja aloitti opettajan työt 21 -vuotiaana. Hän opetti päivät ja harjoitteli illat mestariensa luona. Harjoitukset olivat vielä tuolloin salaisia.

Vuonna 1902 Funakoshi pitää karatenäytöksen Kagoshiman maakunnan viranomaisille. Vuonna 1912 pidetään näytös Japanin merivoimille. Vuonna 1917 Funakoshi tekee näytöksen Kyoton Butokudenissa, jolloin karate tuodaan virallisesti Japaniin. Funakoshin suosio kasvaa, ja jopa siihen asti, että vuonna 1921 prinssi Hirohito näytöksen nähtyään suosittaa Japanin kulttuuriministeriölle, että lajia opetettaisiin yliopistoissa. Seuraavana vuonna järjestetään näytös Japanin kulttuuriministerille. Judon perustaja, Jigoro Kano, kutsuu Funakoshin Tokioon esittelemään lajiaan. Menestys on välitön ja eri tahoilta satelee pyyntöjä kurssien järjestämisestä. Funakoshi päättää jäädä Tokioon opettamaan "Okinawa-Te:ä" eikä palaa enää Okinawalle.

Opetettuaan aikansa eri paikoissa Funakoshi avaa oman dojonsa Shotokanin vuonna 1935. "Shoto" symboloi kuiskivia mäntyjä (Sensei oli myös runoilija) ja "Shotokan" oli "Shoton paikka". Vuoteen 1936 mennessä yliopistoissa ja yrityksissä oli aloitettu yli kolmekymmentä uutta dojoa.

Harjoittelu perustuu pääasiallisesti katoihin. Hyökkäyksiä ja puolustuksia harjoitellaan kata-muodossa, ilman riskiä vastustajan loukkaantumisesta. Karaten taistelutaitoluonnetta voitiin tradition mukaan testata vain "Shinken Shobu" harjoituksella, joka tarkoitti todellista taistelua. Myös kahden henkilön välinen "Kake Dameshi" tunnettiin, eli vastustaja hyökkäsi mahdollisimman voimakkaalla lyönnillä, joka toisen oli torjuttava. Funakoshi painotti opetuksen täysin kataan, omien opettajiensa esimerkin mukaan.

Noin vuonna 1930 Sensei alkaa käyttää tunnusta "Karate", joka tarkoittaa tyhjää. Hän vetoaa Zen-buddhismin perusteluun Shiki soku ze ku, Ku soku ze shiki eli ilmeinen on yhteys tyhjyyteen, tyhjyys mahdollistaa toisten (tietoisuuden) tilojen saavuttamisen. Hän lisää perään sanan "Do", tietämyksen tie, opettaen siten tästä lähin karate-do:ta, karaten tietä. Do opettaa oikeaa, kunniallista ja uskollista käytöstä, sekä itseään että vastustajaa kohtaan.

Senseit Funakoshi (Shotokan), Mabuni (Shito Ryu) ja Mijagi (Goju Ryu) kehittivät kolme karaten päätyylisuuntaa, joihin muut tyylit perustuvat.

Sensei Funakoshin poika, Yoshitaka Funakoshi (1906-1945), vastasi karaten kehityksestä sen nykypäiväiseen muotoon. Hän kehitti syvemmät ja pidemmät asennot voimaa lisätäkseen, tutki liikkeiden dynamiikkaa ja kehitti hyökkäystekniikoita edelleen.

Vuodesta 1930 Yoshitaka alkoi hoitaa isänsä pääasiallista dojoa. Yoshitaka toi Shotokaniin uusia katoja, jotka hän oli oppinut Sensei Asatolta. Funakoshi oli näet välittänyt oppilailleen 15 kataa. Yoshitaka opetti Shotokan dojolla kuolemaansa asti (1945). Isä Funakoshi palasi valvomaan Shotokan dojoa tämän jälkeen. Vuonna 1949 Sensei Funakoshi nimitettiin JKA:n (Japan Karate Association) pääopettajaksi. Sensei poistui keskuudestamme 26.4.1957.